Symmetrize based on the BIOMT informations saved in PDB files.
一. 使用VMD进行(可脚本化处理)
利用mono2poly.tcl插件进行. 使用脚本加载后调用里面的相应函数.
- 需要安装有vmd并可用vmd命令直接运行.
- 需要事先下载mono2poly.tcl; 并放到一定文件夹, 再修改脚本中相应位置.
供参考使用的脚本:
#! /bin/bash
# Author: PlatinHom
# Last: 2015.6.6
echo "Input a PDB 4-char number and output symmetrized PDB file"
if [ -z $1 ] ;then
echo "Please enter the PDB number!"
exit
fi
# Turn PDB-ID to upper char and download it.
pdbnum=`echo $1 | tr a-z A-Z`
wget "http://rcsb.org/pdb/files/${pdbnum}.pdb"
# Build a new script to run
echo "source /mnt/home/zhaozx/vmd-1.9.2/myscripts/mono2poly.tcl" >biomt2poly.tcl
echo "mol delete all" >>biomt2poly.tcl
echo "mol new ${pdbnum}.pdb" >>biomt2poly.tcl
echo "set sel [atomselect top all]" >> biomt2poly.tcl
echo "set matrix [parsematrix ${pdbnum}.pdb]" >> biomt2poly.tcl
echo "mono2poly -o ${pdbnum}-SYM" '$sel $matrix' >>biomt2poly.tcl
echo "quit" >>biomt2poly.tcl
# Run the script IN command line without visualization.
vmd -dispdev text -e biomt2poly.tcl > /dev/null #BIOMTDo.log
# If don't exist SYM information, give warning.
if [ ! -f ${pdbnum}-SYM.pdb ];then
echo "The PDB file could not be found or symmetrized for $pdbnum" | tee -a errorPDB.log
fi
rm biomt2poly.tcl
二. 使用Chimera进行
主要利用sym命令的进行, 比较简单.甚至可以人为加载对称性后进行.
- 方法一:
Chimera打开PDB文件后,打开Model Panel, 选中需要对称化的分子model, 在右侧找到
biological unit点击即可. 此时根据BIOMT信息自动对称化. - 方法二:
使用command line 输入命令
sym或者sym #0来指明对象. 可以用~sym取消对称化. - 合并:
combine #0,#1将原来的单体#0以及对称化后的分子对象#1进行合并.默认生成#2. 再进行保存即可.