Hom's Blog


Python:virtualenv

考虑了很久元旦这篇补些啥呢? setup.py? 虚拟环境? 还是游记? 最后还是决定写个虚拟环境吧, 简单~~


在集群或者别的公共服务器, 权限是个大问题. 因为权限的问题, 我们没法将Python的一些下载模块安装到默认的地方. 自行下载安装文件修改再安装又太麻烦不方便. 而我又想在HPCC里使用像requests这样的常用模块怎么破呢?

在网上最后找到了HPCC使用自行安装Python模块的方法: Using Python virtualenv on the HPCC, 简单点说, 就是利用虚拟环境virtualenv.

virtualenv的介绍可以查看PyPI上的介绍. Github和主页说明戳这里. virtualenv说白了就是建立一个独立的python运行环境, 将库独立开来.可以完成:

  1. 权限不允许下安装新模块到虚拟环境
  2. 不同版本的模块安装在不同的虚拟环境方便调换
  3. 不同模块有冲突的模块依赖关系

先简单介绍HPCC上virtualenv的使用.

一般模块使用module spider py 查找python相关的模块(一般都带有py). 更多更详细可以用module avail查看(不仅python,包括基于OpenMPI等的可用模块也会列出来).但一般预装的模块不多.

可以在加载完已装模块后再设置虚拟环境!! 例如module load NumPy那么虚拟环境对应的就有numpy了(但下次还是需要加载一次NumPy再加载虚拟环境..).

安装使用虚拟环境很简单

# Install virtualenv at the first time
virtualenv ~/myPy
# Load the virtualenv
source ~/myPy/bin/activate
# Then you will see you are in myPy, just like that
Hom@HPCC $
(myPy)
# To install new module
pip install requests
(myPy)
# To close the virtualenv
deactivate
  1. 使用virtualenv命令安装和设置一个虚拟环境. 后面是该环境所在的路径(会新建一个目录)
  2. source加载该虚拟环境下的bin/activate进行加载.
  3. 加载后, 提示行下面会出现虚拟环境名
  4. 安装软件可以使用easy_installpip
  5. 退出虚拟环境使用deactivate

事实上,在该虚拟环境文件夹中含有以下内容:

  • bin: 可以使用的可执行文件(包括easy_install, pip, python, 安装的可执行脚本) 和激活用的脚本activate.
  • include: 内有一python文件夹, 内含相关需要的头文件.h, 实际指向实际环境里的include/python2.7
  • lib: 就是一个python的lib文件夹, 虚拟环境的环境所在, 包括site-packages和一堆基础的py库. 在默认系统内就有的就软链接指过去.
  • lib64: 在64位系统实际指向lib.

卸载该虚拟环境就rm -rf 该文件夹就好了.


安装virtualenv

安装virtualenv需要系统装有pipsetuptools系列模块, 如上所述, 其生产的bin文件夹需要这些玩意.

  • 自行使用pip自动安装虚拟环境(需要权限)

[sudo] pip install virtualenv

  • 如果不用pip可以用curl进行全局安装
curl -O https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-X.X.tar.gz
tar xvfz virtualenv-X.X.tar.gz
cd virtualenv-X.X
[sudo] python setup.py install
  • 甚至可以不进行全局安装, 而是安装到本地再进行运行:
curl -O https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-X.X.tar.gz
tar xvfz virtualenv-X.X.tar.gz
cd virtualenv-X.X
python virtualenv.py myPy

就这么简单了. 使用就参考上面HPCC的说明就好了. That’s ALL~ Happy New Year and have a good year!



◆ 本文地址: http://platinhom.github.io/2016/01/01/py-virtualenv/, 转载请注明 ◆

前一篇: DOI-PMID-PMCID转换
后一篇: git合并多个commit


Contact: Hom / 已阅读()
Source 类别: Coding  标签: Python